Het Luther Museum is het enige museum in Nederland dat zich specifiek richt op het Luthers erfgoed. Dit maakt het museum uniek. De kern van de collectie wordt gevormd door het erfgoed van de Lutherse Gemeente Amsterdam. Daarnaast beheert het museum collectiestukken van diverse andere gemeentes.
Het gebouw Wittenberg, waarin het museum gevestigd zit – met regentenkamers, de gang en de imposante Kerkzaal met orgel– is het belangrijkste collectiestuk. De collectie bestaat verder uit schilderijen, bijbels, zilver en authentieke meubelstukken.
Enkele uitgelichte stukken: