Vanaf 1642 zijn er sporen van Lutherse activiteiten in Maastricht. Er werd veel last ondervonden van de zijde van de Rooms-Katholieken. In 1645 kwam het tot geweldpleging en zelfs plundering van het vergadergebouw.
Vanaf 1646 was men in staat eigen predikanten te benoemen. De gemeente bestaat in die tijd hoofdzakelijk uit Duitse officieren en soldaten.
In 1673 werd de stad veroverd door Lodewijk XIV. Onder dit gezag kwam een herverdeling van kerkgebouwen tot stand. Dit had tot gevolg dat de protestantse kerken min of meer tot een vorm van samenwerking werden gedwongen.
Na dit Franse intermezzo was de verhouding met de Rooms-Katholieken enigszins verbeterd.
Een eigen predikant werd in 1681 aangetrokken uit het Duitse vorstendom Waldeck. Verwonderlijk was dit niet, daar een vorst uit dit staatje officier was van het in Maastricht gelegerde garnizoen. Door bemiddeling van deze persoon verkreeg de Lutherse gemeente eindelijk van de Staten Generaal vrijheid van godsdienstoefening (in deze Rooms-Katholieke omgeving).
Een eigen kerk werd in 1684 ingewijd. De verdeling van de zitplaatsen was volgens militaire hiërarchie geordend. Herenbanken waren er voor de officieren en onderofficieren, terwijl de soldaten het moesten doen met gewone zitplaatsen. Deze verdeling was ook doorgevoerd in het gedeelte met de vrouwenbanken. Pas in de loop van de 19e eeuw werd hier in het Nederlands gepreekt.
De gemeente werd, met die in Vaals, aanvankelijk door koning Willem I buiten het Luthers kerkgenootschap gehouden. Men was bang voor ongeregeldheden in deze Rooms-Katholieke omgeving! Pas in 1842 vond opname in de Lutherse synode plaats.
Bij een bezoek van regentes Emma en de jonge prinses Wilhelmina aan de kerk aan het einde van de 19e eeuw werd een herdenkingsplaquette voor de vorst van Waldeck onthuld (Emma was een verre nazaat van deze officier waaraan de Lutherse gemeente zo veel te danken heeft
gehad).
Sinds 1991 is de Lutherse gemeente Maastricht met die van Vaals en Heerlen opgenomen in de kerkelijke gemeente Zuid Limburg.
Binnen Maastricht werkt men samen met de Hervormden en Gereformeerden.