Vanaf de zestiende eeuw trok Harlingen als belangrijke garnizoens-, haven- en industriestad veel inkomende buitenlanders aan. Zij kwamen veelal uit de Scandinavische en Duitse landen. Dit waren vrijwel allemaal Lutheranen.
Aanvankelijk werden de gelovigen hier verzorgd door de gemeente Enkhuizen. Omstreeks 1660 deelde men een voorganger met de Lutherse gemeente van Leeuwarden. In 1714 werd een eigen predikant beroepen.
In datzelfde jaar werd een begin gemaakt met de bouw van een kerk aan de Simon Stijlstraat.
Dit gebouw werd ook gebruikt voor examens van de Latijnse en Franse school.
Van 1798 tot 1801 vond onder invloed van de Hersteld Lutherse kerk in Amsterdam een kerksplitsing plaats.
De Herstelden betrokken een eigen kerk aan de Grote Ossenmarkt. Tot de hereniging in 1952 bleef dit kerkgebouw in gebruik. Daarna werden pastorie en kerk verkocht.
In 1972 werd de Lutherse gemeente van Harlingen samengevoegd met die van Leeuwarden, en werden ook dit kerkgebouw en de bijbehorende pastorie verkocht.