De Lutherse gemeente van Woerden is wellicht de oudste van Nederland. De eerste protestantse martelaar van de Noordelijke Nederlanden werd in 1525 in deze plaats verbrand. Hij behoorde niet tot de Lutheranen, maar wordt als Sacramentariër beschouwt (= voorloper van de Reformatie). Desalniettemin prijkt zijn beeltenis op het kerkzegel van de Lutherse kerk.
In 1566 bereikt de beeldenstorm de stad. Lutheranen vragen dan toestemming om in de kerk de Lutherse leer in te mogen voeren. Door de komst van Lutherse vluchtelingen uit Antwerpen (val van Antwerpen in 1585) groeit het Lutherse element in Woerden. De kerk wordt in 1572 gesticht (ze wordt echter pas in 1603 officieel erkend).
De stad heeft geen bloedige protestantenvervolging gekend, omdat de landsheer Filips de tweede de heerlijkheid van Stad en land van Woerden , waarin ook Bodegraven ligt, in leen gegeven had aan een hertog die het Lutheranisme was toegedaan. Toch werd de stad in 1575 belegerd. Het voedseltekort dat door de belegering ontstond werd op wonderbare wijze gelenigd doordat door het hoge water in de Rijn veel riviervis naar de stad werd afgevoerd.
In de stad groeide de invloed van het Calvinisme. Dit leidde tot het beroepen van Flaciaanse predikanten (= groepering in de Lutherse kerk die fel tegen het Calvinisme streden). Één van hen werd zeer invloedrijk. Deze ds. Ligarius schreef een catechismus en het Woerdense Sangh Boeck (tot in de USA lange tijd in gebruik). Hij werd bovendien bekend omdat hij de Amsterdamse Lutherse gemeente in 1588 mede heeft geïnstitueerd. In 1591 wordt hij door het stadsbestuur verbannen.
In 1646 werd de huidige kerk ingewijd. In 1672 werd zij door de Franse bezettingstroepen (Rampjaar!) gebruikt als hooimagazijn. De Lutheranen kerkten toen in de Gereformeerde kerk.
De 18e eeuw was voor de gemeente een tijd van verval. In 1791 besluit de kerkenraad nimmer te zullen meewerken aan de Hersteld Evangelische Lutherse Gemeente (zojuist door ds. Hamelau uit Amsterdam gesticht. Naast een rationalistische geloofsopvatting zal ook een vurig beleden patriotisme een rol hebben gespeeld. De vrijzinnige invloed is tot de tweede wereldoorlog groot geweest (“Het aankweken van een geest van liberaal godsgeloof”). Na de invoering van de nieuwe kerkorde van 1956 werd deze invloed zwakker.
Van Woerden is een penning bekend. Zie Donga en van den Berg: Geslagen Verbeelding of www.luthersepenningen.nl
Het adres van de kerk luidt: Jan de Bakkerstraat 11, 3441 ED