In het begin van de 17e eeuw kende het gebied van Purmerend een grote toevloed van Scandinaviërs en mensen uit diverse Duitse vorstendommen. Dit hing samen met de droogmakings- en ontginningsactiviteit rond de Purmer. Zowel voor de droogmaking als voor het landwerk op de nieuw ontstane gronden waren meer arbeiders nodig dan de autochtone bevolking kon leveren. Er ontstond zo een aanmerkelijke groep Lutheranen. Voor de kerkgang en de zorg was men aangewezen op de Oude Lutherse Kerk in Amsterdam. Voor deze groep droeg het Amsterdamse Consistorie een uit Husum (Sleeswijk Holstein) afkomstige predikant voor.
Rond 1636 vinden dan in Purmerend de eerste wekelijkse diensten plaats (in combinatie met Edam en Monnickendam). Dit zullen geheime huisbijeenkomsten zijn geweest. Zoals overal elders was tegenwerking van de Calvinisten op alle terreinen zeer groot.
Pas in 1670 werd openbare godsdienstoefening toegestaan! In 1692 kreeg de gemeente een eigen predikant in de persoon van Elias Pomiaan Pesarovius (Deze Pesarovius kwam op de volgende manier naar Nederland: Hij werd in Rusland uit Lutherse ouders geboren. Hij studeerde in Danzig en deed daar dienst als predikant. Hij sloot zich aan als veldprediker in het regiment, dat stadhouder Willem III huurde om in het rampjaar 1672 de Fransen tegen te houden. Hij bleef vervolgens in Nederland.). De bouw van de kerk aan de Hoogstraat duurde van 1709 tot 1712.
Vanouds was de gemeente van Purmerend een arme gemeente. Zelfs de zorg voor de wezen werd overgedragen aan de stad (pas in de 19e eeuw werd uit een erfenis een wezenfonds in het leven geroepen. Een eigen weeshuis werd eerst in 1866 gesticht)!
Eind 18e eeuw vond er een (tijdelijke) financiële verbetering plaats. De kerk kon in 1777 een Lutherse school stichten. Zelfs werd het mogelijk om in de gemeente de Rijp een Lutherse gemeente met een eigen kerkje van de grond te tillen. Op zondag voer er namelijk geen “schuijt” tussen de Rijp en Purmerend. (zie de beschrijving van de gemeente de Rijp).
Om huishoudelijke zaken vond er een kerkscheuring plaats, en probeerde een deel van de Lutheranen aansluiting te vinden bij de pas gestichte Hersteld Evangelisch-Luthersche Kerk (zie voor een beschrijving van deze scheuring van 1791 bijlage 2). Het verzoek werd echter niet gehonoreerd omdat de kerkscheiding niet op theologische gronden was gebaseerd. Pas in 1806 werd de kerk toegelaten. Lang heeft dit niet geduurd. In 1818 vond de hereniging plaats.
Vanaf de 19e eeuw kromp de gemeente aanzienlijk.
Tijdens de tweede wereldoorlog werden het kerkgebouw en pastorie centrum van verzet en onderduik.
De snelle groei van Purmerend na de oorlog leidde tot het zogenaamde PIII overleg (=overleg priesters en predikanten in Purmerend). Dit liep voor de nieuwe wijken uit op een Missionair Oecumenische Gemeenschap (het M.O.G.) met een eigen kerk, “de Doortocht”.
Sinds 2007 is de Lutherse gemeenschap onderdeel van de PKN Purmerend.
De Lutherse kerk bevindt zich in de Hoogstraat 18, 1441 BC.