Voor de groei van Den Helder waren de werken uitgevoerd tijdens de Franse tijd van belang. Daar nog steeds de scheepvaart richting Amsterdam langs deze Noordpunt van Noord- Holland koerste, was deze plek van strategisch belang. Op initiatief van de Fransen kwamen forten en havens aan het Nieuwe Diep tot stand. Naast de Rijkswerf en de gebouwen van de Marine ontwikkelden zich diverse toeleverende activiteiten. Al dit werk trok veel arbeidsmigranten aan. Ook het aantal Lutheranen groeide.
Door een predikant uit Alkmaar werd in de Doopsgezinde kerk in het jaar 1818 voor de kleine groep een eerste Avondmaal verzorgd. In datzelfde jaar werd een verzoek aan het Amsterdamse Consistorie om een eigen gemeente te mogen stichten afgewezen. Vermoedelijk was de geringe financiële draagkracht van de groep de reden!
Om diezelfde reden zal ook het rekest aan de koning in 1819 zijn afgewezen.
Men richtte hetzelfde verzoek aan de Herstel Evangelische Kerk. Met de hulp van dit kerkgenootschap kon men in 1820 een huis kopen (voor het houden van huisdiensten), en werd een bouwfonds (voor het bouwen van een kerk) gesticht. Nadat er een toezegging was gedaan voor bijdragen in een predikantstraktement en kerkbouw, werd in 1826 bij Koninklijk Besluit toestemming verleend voor het bouwen van een kerk en de aanstelling van een predikant.
In 1827 kon de kerk worden ingewijd. Deze datum geldt als stichtingsdatum van de gemeente.
Een nieuwe instroom van Lutheranen vond plaats na het in gebruik nemen van het Noord Hollands kanaal in 1824. Het kanaal was in feite een verbreding en verbinding van diverse boezemwateren van polders (o.a. Purmer en Beemster). Den Helder werd niet slechts de voorhaven van Amsterdam, maar werd ook met een heel aantrekkelijk achterland van belangrijke polders verbonden. Het aantal economische activiteiten en de bevolking groeiden snel. Door toedoen van scheepsmakelaar en reder Zur Mühlen werd een Evangelisch Lutherse kerk gesticht. Zo telde Den Helder nu twee Lutherse kerken, ieder met een eigen gebouw!
Het graven en in gebruik nemen van het Noordzeekanaal in 1876 werd een nekslag voor de economie van Den Helder. De aantrekkelijke positie van voorhaven van Amsterdam verviel. Van de economische activiteiten bleven slechts de marine en de Rijkswerf over! In 1881 werd de Evangelisch Lutherse kerk opgeheven. Door de Amsterdamse Herstelden werd in 1913 een nieuwe, gunstiger gelegen kerkgebouw mede gefinancierd. De gemeente bloeide op.
De bombardementen en de evacuaties tijdens de tweede wereldoorlog grepen diep in in het gemeenteleven. Na een korte bloei na 1945 zette ook hier door vergrijzing en ontkerkelijking
de gestage afname van gemeenteleden in.
De Lutherse gemeente maakt tegenwoordig deel uit van de protestantse sectie “Buiten de Linie”. De Johanneskapel bevindt zich aan de Waddenzeestraat 2.