De eerste Lutherse prediking vond vermoedelijk in 1594 plaats door een predikant uit Woerden. De tegenstand van de Calvinistische stedelijke overheid tegen een vrije geloofsuitoefening was (zoals elders ook) groot. De vieringen vonden dan ook plaats op particuliere schuiladressen.
De eerste predikant was een Duitser die ook voorganger in Delft was. Hij diende de gemeente van 1611 tot 1619. Hij werd uit het ambt ontheven omdat hij twistziek en drankzuchtig was. Hij werd notabene opgevolgd door een bekeerde pater Jezuïet!
De gemeente was intussen gegroeid en zeer gevarieerd van samenstelling geworden: Soldaten, officieren, handwerkslieden, middenstanders en diplomaten maakten er deel van uit.
Dank zij financiële bijdragen uit Duitsland, Denemarken en Zweden kon men in 1619 grond kopen voor het bouwen van een kerk. De bouw werd vertraagd door (calvinistische) beschuldigingen van wanbeheer en functioneren als dekmantel voor allerlei praktijken. Een rechtszaak hierover diende zelfs bij het Hof van Holland. Uiteindelijk kon de kerk in 1620 ingewijd worden. In datzelfde jaar verleende de magistraat de Lutheranen preekvrijheid.
De 17e eeuw zag een voorspoedige groei. De gemeente mocht zich tot in de 18e eeuw verheugen in de belangstelling van leden van de hoge adel. Niet alleen gezanten van de Duitse (Lutherse) vorstendommen, maar ook van personen als prins Golovkin, de zaakgelastigde van tsaar Peter de Grote. Diverse keren moest door de aanhoudende groei worden omgezien naar een grotere kerk. De financiering hiervan kwam steeds rond door collectereizen naar Duitsland en de Scandinavische landen.
Op het einde van de 17e eeuw ontstond er binnen de kerk een conflict tussen de streng confessionele Wittenbergse richting en de gematigde Hollandse richting. Als gevolg hiervan worden 5 Lutherse kerken uit de Lutherse fraterniteit gestoten. Zij vormen in 1698 de Haagse Unie. Desondanks groeit de gemeente. In 1737 heeft zij zelfs 3 predikanten. In 1733 wordt het Lutherse Weeshuis gesticht.
In 1757 wordt de huidige kerk ontworpen door Pieter de Swart (bouwer o.a. van de Koninklijke Schouwburg en het paleis Lange Voorhout). Het interieur is een ontwerp van de Amsterdammer Coenraet Hoeneker. In 1766 waren er zelfs 4 predikanten (waaronder 2 Duitse).
De Franse tijd kende een rampzalige achteruitgang. Door het vertrek van de Oranjes met hun gevolg, en door de tiërcering van de staatsschuld verloor men veel inkomsten. Pas onder koning Willem I kreeg de gemeente weer wat financiële ruimte.
Van 1875 tot 1879 was ds. Domela Nieuwenhuis voorganger van de gemeente. Bij zijn afscheidspreek bevonden zich leden van de Eerste Internationale onder zijn gehoor!
In de dertiger jaren van de 20e eeuw vond er een scheiding plaats tussen de rechtzinnige “Oud-Luthersen” en de meer vrijzinnigen. Deze laatste groep had van 1934 tot 1968 een eigen kapel aan de Haverschmidtstraat.
Ook in den Haag vond door ontkerkelijking een forse krimp plaats.
In 2019 werd besloten tot een fusie met de Lutherse kerk van Leiden. Van den Haag zijn een penning en een avondmaals loodje bekend. Zie: Donga en van den Berg. Geslagen Verbeelding. Of www.luthersepenningen.nl
De kerk bevindt zich aan de Lutherse Burgwal 9, 2512 CE