Na Woerden is de Lutherse gemeente van Bodegraven de oudste in de Noordelijke Nederlanden. Het land van Woerden en Bodegraven wordt in 1558 door Filips II in pand gegeven aan een Duitse Lutherse vorst. Deze bevordert het Lutheranisme niet, maar ontmoedigt het ook niet (vermoedelijk uit angst voor represailles van hogerhand!). In 1572 wordt Bodegraven prinsgezind en verkrijgen de Lutheranen volledige godsdienstvrijheid. In 1583 wordt de eerste eigen predikant beroepen.
Dit verandert radicaal vanaf 1594. Met de bekering van beide Lutherse predikanten tot het calvinisme zet de calvinisering in snel tempo in. Het Lutheranisme duikt weer onder in heimelijk gehouden huisdiensten. In 1614 wordt er zelfs een preekverbod opgelegd aan de Lutherse predikant.
Na 1629 vindt er een zekere stabilisering van de situatie plaats.
De Fransen richtten veel verwoestingen aan in Bodegraven in het rampjaar 1672. De kerk kan snel herbouwd worden, en in 1675 kan men reeds een nieuwe predikant benoemen.
Bodegraven sluit zich in 1698 aan bij de zogenaamde “Haagse Unie” (een verbond van 5 gemeenten die uit de Lutherse fraterniteit gestoten waren uit onbehagen voor de overheersende invloed van de Amsterdamse Lutherse gemeente). Deze band duurt tot 1713, het jaar waarin de vrede met Amsterdam wordt hersteld.
In 1743 wordt in Bodegraven Jan Brandes geboren.
In de gehele 18e eeuw vindt er in het hele kerkelijke gebied van Bodegraven (Nieuwerbrug, Zwammerdam en Alphen) een gestage krimp plaats, zodat financiële steun van het Amsterdamse consistorie noodzakelijk wordt.
In 1811 wordt het kerkelijk gebied uitgebreid. Voortaan worden Lutheranen in Nieuwkoop, Zevenhoven, Nieuwveen, Langeraar, Korteraar en Aarlanderveen door de Lutherse kerk van Bodegraven verzorgd.
Een brand verwoest de kerk in 1870. Reeds in 1871 kan een nieuw gebouwde kerk worden ingewijd.
Na een kortstondige bloei na de tweede wereldoorlog krimpt de gemeente door ontkerkelijking. Van 1959 tot 1983 deelt men een predikant met Gouda.
Vanaf 2012 is de Lutherse gemeente in Bodegraven wijkgemeente Emmaus van de PKN Bodegraven.