Vermoedelijk is deze gemeente omstreeks 1680 gevestigd toen er zich een redelijk aantal Duitsers vestigde.
In 1684 wees het gemeentebestuur de Heilige Geestkapel aan als preekplaats. Zij werd in 1686 officieel overgedragen. Lange tijd heeft het Amsterdams Consistorie zich verzet tegen een verzelfstandiging van deze gemeente. Kennelijk was zij te klein of te weinig draagkrachtig. Als gevolg daarvan vreesde het Amsterdamse Consistorie in de toekomst te moeten opdraaien voor de traktementskosten van een predikant.
Zoals ook in enkele andere gemeenten was in de 19e en 20e eeuw de vrijzinnige stroming erg groot.
Amersfoort werd in de 20e eeuw het centrum voor de regio Eemland. Net als de kerkelijke gemeente van Zeist vallen hier een groot aantal plaatsen onder: Ermelo, Putten, Nunspeet, Harderwijk en Nijkerk.
Van de laatste gemeente kan het volgende worden opgemerkt: door de komst van een aanzienlijke groep Duitse glasblazers groeide het aantal Lutheranen zodanig dat Nijkerk van 1791 tot 1907 een filiaalgemeente van Amersfoort kon zijn.
In 2010 werd de Lutherse gemeente van Amersfoort een onderdeel van de PKN Amersfoort.
Het adres van de kerk luidt: Langestraat 61, 3811 AC.